El edificio actual es la histórica planta de la “Toma de agua”, que fue construido en 1952. Está ubicado en un predio de 10.000 m2 con amplias posibilidades de expansión. El Intendente Enrique Slezack promovió la cesión del espacio para la sede del Museo. Este proceso culminó el 21 de octubre de 2005, cuando logró el acuerdo con el Ministro de Infraestructura de la provincia, el Ingeniero R. Sícaro, del Directorio de Aguas Bonaerenses S.A. (ABSA) representado por el Dr. Gabriel Aparicio y el propio intendente Slezack. El acuerdo también fue aprobado por el Organismo de Control de Aguas de Buenos Aires (OCABA).
Se destaca por su valor histórico y por la importancia arquitectónica en la localidad, se encontraba fuera de uso desde hacía muchos años y había sido motivo de estudio por parte de la Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires, dependiente del Laboratorio de Entrenamiento Multidisciplinario para la Investigación Científica (LEMIT), forma parte del proyecto “Legajos histórico-técnico de edificios de valor patrimonial en la ciudad de Berisso”. Estas investigaciones fueron realizadas dentro de un programa del gobierno de la Provincia de Buenos Aires de políticas municipales de planificación y gestión del patrimonio cultural urbano-arquitectónico. El estudio puso en evidencia las posibilidades con que contaba ese edificio para ser utilizado como museo por la amplitud de las instalaciones.
El entorno alrededor del edificio es tranquilo, amplio y apto para el desarrollo de actividades culturales. Se encuentra en la calle Montevideo, que es el principal eje de circulación del transporte público. Tiene una fluida comunicación con el centro cívico.